Au cas où un apt-get autoremove essaye de désinstaller la moitié des paquets de la machine (par erreur bien sûr):
1 - Dans synaptic, utiliser le filtre (menu gauche) pour afficher les paquets pouvant être supprimés
2 - Choisir ceux qu'on veut garder
3 - Aller dans le menu "paquet" et décocher "installé automatiquement"